کوسه‌ها موجوداتی بسیار کهنسال هستند؛ آن‌ها احتمالاً ۴۵۰ میلیون سال پیش پدیدار شده‌اند و قدمتشان از درختان نیز بیشتر است. اما همین قدمت طولانی و همچنین جایگاه ویژه‌شان در فرهنگ عامه (به لطف برنامه‌هایی مانند هفته کوسه و فیلمی چون آرواره‌ها) باعث می‌شود که این واقعیت که دانشمندان دقیقاً نمی‌دانند کوسه چیست، کمی غافلگیرکننده باشد.

البته، زیست شناسان دریایی درک کلی خوبی از کوسه‌ها دارند: آن‌ها به رده Chondrichthyes (ماهی های غضروفی آرواره‌دار) تعلق دارند که شامل سفره ماهیان نیز می‌شود. کوسه سفید بزرگ، به عنوان مثال، قطعاً یک کوسه محسوب می‌شود. با این حال، مطالعه جدیدی که در bioRxiv منتشر شده، نشان می‌دهد که گونه‌هایی در راسته Hexanchiformes، مانند کوسه گاوی و کوسه چین‌دار، در واقع بخشی از یک تبار تکاملی هستند که کاملاً از آنچه ما کوسه می‌نامیم متمایز است. این بدان معناست که سفره ماهیان (که به عنوان باتوئیدها نیز شناخته می‌شوند) در واقع خویشاوندی نزدیک‌تری با کوسه‌ها دارند تا کوسه‌های راسته Hexanchiformes.

چیس براونستین، زیست شناس تکاملی در دانشگاه ییل و یکی از نویسندگان مطالعه، در مصاحبه با نیچر اظهار داشت که این یافته‌ها حاکی از آن هستند که سفره ماهیان خود نوعی کوسه محسوب می‌شوند و الگوی بدنی کوسه‌ها پیش از این وجود داشته است.

بحث اصلی این است که آیا کوسه‌ها مونوفیلتیک هستند یا پارافیلتیک. از نظر طبقه بندی، گروه مونوفیلتیک شامل یک جد و تمام نوادگان اوست، در حالی که گروه پارافیلتیک شامل یک جد و برخی (اما نه همه) نوادگان اوست. براونستین و همکارش توماس نیر، با تجزیه و تحلیل ۳۸ ژنوم منتشر شده از کوسه‌ها، تایید کردند که شاخه‌های اصلی کوسه‌ها، سفره ماهیان و باتوئیدها همانطور که در حال حاضر تعریف شده‌اند، وجود دارند. اما در کل، شاخه‌ای که ما به عنوان کوسه می‌شناسیم، به دلیل اینکه کوسه‌های Hexanchiformes از نظر تکاملی با کوسه‌های مونوفیلتیک متمایز هستند، پارافیلتیک محسوب می‌شود.

طبق گزارش نیچر، کوسه‌های چین‌دار و کوسه‌های گاوی، با وجود ظاهرشان که آن‌ها را به خانواده کوسه‌ها شبیه می‌کند، تفاوت‌های فیزیکی کلیدی مانند آبشش‌های بیشتر، آرواره‌های ابتدایی و بدن‌های مارمانند دارند. این می‌تواند بدان معنی باشد که واگرایی بین کوسه های مدرن و Hexanchiformes عمیق‌ترین واگرایی در ابرراسته Squalomorphi را نشان می‌دهد. تجزیه و تحلیل بیشتر توسط براونستین و نیر تایید می‌کند که تنوع اکثر کوسه‌ها در دوره ژوراسیک (حدود ۲۰۰ تا ۱۴۵ میلیون سال پیش) رخ داده و تنوع بیشتر سفره ماهیان و باتوئیدها بعداً در دوره کرتاسه-پالیوژن (حدود ۱۴۵ تا ۶۶ میلیون سال پیش) اتفاق افتاده است.

نویسندگان مقاله می‌گویند ژنوم‌ها این قابلیت را دارند که فرضیه‌ها در مورد روابط بین گونه‌ها را به شدت تغییر دهند. با روشن کردن اینکه عدم قطعیت فیلوژنتیکی در روابط یکی از دو شاخه اصلی مهره‌داران آرواره‌دار چیست، تاریخ تکاملی شگفت‌انگیز و باستانی برخی از کندریکتیان‌ها که امروزه به دلیل بحران زیستی ناشی از فعالیت‌های انسانی در معرض انقراض هستند، آشکار می‌شود.